中央部门预算采取自下而上的编制方式，编制程序实行“二上二下”的基本流程。一是中央部门编报部门预算建议数，简称“一上”。编报部门预算要从基层预算单位编起，层层汇总，由一级预算单位审核汇编成部门预算建议数，上报财政部门。二是财政部下达部门预算控制数，简称“一下”。财政部对各中央部门上报的预算建议数审核、平衡后，汇总成中央本级预算初步方案报国务院，经批准后向各中央部门下达预算控制限额。三是中央部门上报部门预算，简称“二上”。各中央部门根据财政部下达的预算控制限额，编制部门预算草案上报财政部。四是财政部批复部门预算，简称“二下”。财政部在对各中央部门上报的预算草案审核后，汇总成中央本级预算草案和部门预算草案，报经国务院审批后，提交全国人民代表大会审议，并在人代会批准预算草案后一个月内向中央部门批复预算，各中央部门应在财政部批复本部门预算之日起15日内，批复所属各单位的预算，并负责具体执行。