建立健全资源有偿使用制度和生态环境补偿机制，这是中央十七大提出的一项重大战略性任务，是当前和未来一个时期财税制度创新的重要内容，也是贯彻落实科学发展观、促进经济社会长期可持续发展的重要措施。因此，从理论与实践的结合上，深化对这一问题的研究，指出和明晰未来的改革思路，是当前宏观决策部门及理论界面临的一项重要和紧迫的任务。
    长期以来，我国的资源总体上处于无偿或低价使用的状况，矿山资源补偿费平均费率很低，目前仅为1.18%，而国外与我国矿山资源性质基本相似的费率一般为2-8%。就是上述过低的费率水平，也存在严重的欠交现象。2003年我国矿山资源补偿费实际征收只占应收额的48.3%。由此造成的严重后果是：一方面，由于矿业开采行业进入门槛低，私挖乱采严重，造成资源的极大浪费；另一方面，目前的矿业税费标准基本上没有考虑环境成本，企业“外部性”问题基本没有解决，造成多数矿区环境恶化，给当地群众生存带来了极大的困难。因此，必须加快推进资源税费改革，建立健全资源有偿使用制度和生态环境补偿机制，改变资源无偿使用和环境恶化的状况。
    1．关于资源税改革。目前国家对在我国境内开发的一切应税资源产品从量定额征收资源税，具体考虑不同资源的储存状况、开采条件、资源优势和地理条件等客观因素，采用差额税额标准进行级差调节，如原油的资源税税额为8-30元/吨，天燃气为2-15元/千立方米，原煤为0.3-5元/吨。现行资源税的主要弊端是，征收标准太低，而且计税依据不合理，即上述资源产品价格和收益不断上涨，而资源税收入却固定不变。改革的思路可考虑分两步走。第一步：近期提高资源税税额标准。以煤炭资源税为例，国家现行规定的征税标准是0.3-5元/吨，全国实际平均资源税税收负担是3元/吨，资源税税负大约为1%左右。如将煤炭资源税征税标准提高一倍，即由0.3-5元/吨提高到0.6-10元/吨，全国实际平均资源税税收负担提高为6元/吨。现在煤炭企业一般每吨的利润空间大致为200元，因此，上述提高煤炭资源税征税标准的设想，完全在企业承受范围之内。除了煤炭以外，原油、天燃气及其它有关矿产的资源税都应提高征税标准。这也有利于让矿产资源丰富的地区能得到一些应有的回报，由此解决因资源开采而引发的局部地区差距拉大等问题。第二步，改变计税依据。在充分考虑资源有效利用率的基础上，研究将资源税由从量计征改为从价计征，即将资源产品销售收入作为计税依据，以改变资源税收入与资源收益脱节的状况。从价计征不可能是一个统一的比例税率。因为不同的资源产品其资源禀赋、地理位置、开采和难易程度等客观条件不同，因此可根据不同情况设置不同的资源税税率或称级差税率。另外，资源有效利用也应纳入资源税的考虑范围之内，对资源利用率高的资源性企业，其资源税税率应适当给予优惠。资源税从价改革比较复杂，可作为未来一个方向性的思路。
    2．关于矿业权改革。在计划经济时期，过去几十年来，在对矿产资源的管理上，一般是采取行政手段无偿授予矿业权，造成目前绝大多数矿山企业仍是无偿占有矿业权。虽然这几年也开始试行矿业权的招标拍卖，但是目前的状况是“双轨制”，即在公开拍卖的同时，还有很大一块是通过行政审批完成的，于是就使得矿业权行政审批与市场取得的方式并存。目前中国15万个矿业企业中仅有2万个矿业企业是通过市场权利取得矿业权，其它均是通过行政方式取得。由此带来的危害：不仅导致国家资源性收入流失，而且还造成矿产资源使用效率低下，生态环境趋于恶化。
    改革的基本思路是将矿业权由行政审批和市场机制的“双轨制”变为市场机制的“单轨制”。具体建议：一是国家垄断矿业权一级市场，并建立矿业权储备制度。对已经形成尚未被占有的矿业权，一律招标拍卖出售。二是妥善处理各类单位目前无偿占有的矿业权，经评估后全部进行资产化处置，向国家缴纳探矿权、采矿权的价款。三是合理确定国家有偿出让矿业权收益中中央与地方的分配比率。为保护地方积极性，对所有矿业权有偿取得的收益，中央与地方二八分成。
    3．建立资源性矿区环境治理与生态恢复的责任共担机制。当前中国资源性矿区的生态环境形势非常严峻，从现实出发，改变这一状况必须建立中央、地方、企业责任共担机制，由三方共同出资，单纯依靠任何一方出资都是不切实际的。建议：一是增加中央财政的投入。中央从矿业权改革的收益中，除了一部分要建立地质勘探基金，加大对矿业企业和地勘单位的支持力度外，另一部分要用于支持资源性矿区生态环境治理。此外，还要通过中央财政的预算结构调整，适度安排资金用于这方面的支出。二是加强地方财政的投入。由于资源税改革的全部收入和矿业权改革的收入大头划归地方，进一步增强了地方调控社会经济发展的能力，也为地方治理矿区生态环境开辟了新的资金渠道。具体考虑，地方从矿业权改革中得到的收益，要主要用于矿区生态环境；资源税收入虽然是地方的固定收入，但并不能作为专项支出，因此，地方财政也应通过地方预算安排矿区生态环境支出。三是矿山企业应从企业销售收入中，提取一定比例资金，列入成本，专门用于矿山生态环境补偿，当年实际发生的矿山环境治理费用冲减预提的费用。