根据《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》（中发[2002]13号），财政部会同有关部门积极稳妥地推进新型农村合作医疗试点工作，在完善合作医疗运行机制、筹资机制和管理机制等方面开展了积极、有益的探索。在各地区各部门的共同努力下，新型农村合作医疗制度在一定程度上缓解了农村群众“因病致贫、因病返贫”的问题，成为建设社会主义新农村的重要内容和新的起点。中央财政2005年安排新型农村合作医疗试点补助资金5.4亿元。据统计，截止2005年9月底，全国共有671个县（市、区）开展了新型农村合作医疗制度试点，覆盖农业人口23306.3万人，其中参合农民17664.5万人，参合率为75.79%。全国累计筹集合作医疗基金105亿元，其中中央财政补助中西部地区12亿元，共补偿参合农民1.59亿人次，补偿资金63亿元。为进一步推动这项工作，财政部会同卫生部就加快试点进度、扩大试点范围、提高财政补助标准和扩大中央财政补助范围等问题进行了深入研究。经国务院研究决定，从2006年起中央财政对参合农民的补助标准由10元/人•年提高到20元/人•年，地方财政也要相应增加补助并主要由省级财政承担。同时，将中西部农业人口占多数的市辖区纳入中央财政的补助范围，并对东部部分困难地区按照中西部补助标准的一定比例给予适当补助。目前，财政部已会同卫生部等7部委联合下发了《关于加快推进新型农村合作医疗试点工作的通知》（卫农生发[2006]13号），进一步明确了2006年新型农村合作医疗试点工作。
　　为加快农村社会救助体系建设，财政部加大工作力度：一是根据《民政部、卫生部、财政部关于实施农村医疗救助的意见》的要求，财政部会同民政部、卫生部下发了《关于加快推进农村医疗救助工作的通知》（民发[2005]121号），要求各地按照既定工作目标，加快推进建立农村医疗救助制度；按照农村医疗救助工作方案，做好资金测算，加大财政投入；大力开展社会捐赠，多渠道募集资金，做大医疗救助基金总量。为支持中西部地区农村医疗救助工作的开展，2005年中央财政通过中央专项彩票公益金安排农村医疗救助专项补助资金3亿元。据统计，截止目前，全国所有的省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团都出台了农村医疗救助制度，所有的县（市、区）基本建立了农村医疗救助制度。2005年1-10月份，全国共救助941万人次，其中资助710万人参加新型农村合作医疗，直接救助了230万人次；全国共支出医疗救助资金9.92亿元，其中资助参合资金1.09亿元，直接医疗救助投入8.82亿元。二是针对农村税费改革后农村五保供养工作出现的新情况、新问题，2004年，财政部会同有关部门下发了《关于进一步做好农村五保供养工作的通知》，明确免征、减征农业税及其附加后，原从农业税附加中列支的五保供养资金，列入县乡财政预算。同时，在测算农村税费改革转移支付资金时，考虑了补助地区农村五保户人数和补助标准等因素，以支持财政困难地区的五保供养工作。2005年，财政部还参与了《农村五保供养工作条例》的修订工作，确立了五保供养的政府、社会与五保对象责任共担机制，进一步明确农村五保供养资金从地方各级人民政府财政预算中安排，有农村集体经营收入的地方可以从农村集体经营等收入中安排的资金渠道；规定了农村五保供养对象承包土地委托他人代耕的，其收益归农村五保供养对象所有等内容。