2006年，农业税走进历史博物馆，农业特产税彻底取消，烟叶税条例制定出台，标志着国家和农民的传统分配关系发生了根本性变革，扭转了长期以来农民负担过重的局面，迈出了统筹城乡发展的新步伐，农村税费改革取得了重要阶段性成效。与改革前的1999年相比，2006年全国农民共减轻负担约1250亿元，人均减负约140元。为支持农村税费改革，中央和地方在进行体制创新的基础上，积极调整财政支出结构，不断加大农村税费改革转移支付力度（见下表）。

    取消农业税减轻了农民负担，但并没有从根本上解决造成农民负担过重的深层次问题，必须不失时机地全面推进农村综合改革。伴随着农村税费改革进入农村综合改革的新阶段，农村改革的核心内容由农村税费改革时期的规范农村税费制度、理顺农村分配关系转为以乡镇机构、农村义务教育、县乡财政管理体制改革为主要内容的上层建筑变革。一是以转变乡镇政府职能为重点，积极推进乡镇机构改革，彻底改变“食之者众、生之者寡”的状况，建立精干高效的农村行政管理体制和运行机制；二是以落实农村义务教育经费保障机制为重点，推进农村义务教育改革，减轻农民的教育负担，促进教育公平，加快教育自身改革，逐步建立政府保障的农村义务教育体制；三是以增强基层财政保障能力为重点，推进县乡财政管理体制改革，提高基层政府的财力保障水平，建立覆盖城乡的公共财政制度，扩大公共财政覆盖农村的范围，促进农民减负增收和农村社会事业发展，巩固农村税费改革成果，全面推进社会主义新农村建设。2006年全国农村综合改革工作会议后，各地按照国务院的统一要求和总体部署，积极行动，统筹规划，不断扩大农村综合改革试点范围。