为解决我国农村义务教育经费方面长期存在的各级政府投入责任不明确、经费供需矛盾比较突出、教育资源配置不尽合理、农民教育负担较重等突出问题，2005年12月，国务院发出《国务院关于深化农村义务教育经费保障机制改革的通知》(国发[2005]43号)，要求从2006年开始深化农村义务教育经费保障机制改革。
    这次改革按照“明确各级责任、中央地方共担、加大财政投入、提高保障水平、分步组织实施”的基本原则，逐步将农村义务教育全面纳入公共财政保障范围，建立中央和地方分项目、按比例分担的农村义务教育经费保障机制。中央重点支持中西部地区，适当兼顾东部部分困难地区。改革的主要内容：一是全部免除农村义务教育阶段学生学杂费，对贫困家庭学生免费提供教科书并补助寄宿生生活费。免学杂费中央与地方的分担比例，西部地区为8：2，中部地区为6：4，东部地区（除直辖市以外）分省确定。中西部地区贫困家庭学生教科书，全部由中央财政负担。寄宿生生活费补助资金，由地方财政负担。二是提高农村义务教育阶段中小学公用经费保障水平。三是建立农村义务教育阶段中小学校舍维修改造长效机制。中西部地区，中央与地方按照5：5的比例予以分担，东部地区，中央视其校舍维修改造情况予以奖励。四是巩固和完善农村中小学教师工资保障机制。另外，推进教育综合改革，切实治理教育乱收费。这项改革自2006-2010年实施，不考虑教师工资增长因素，中央和地方各级财政5年间累计新增经费2182亿元。
    2006年，全部西部地区和中部12个试点县免除学杂费和提高公用经费保障水平政策均落实到位，5007万名农村义务教育阶段学生享受了免学杂费政策。2006年，中央财政用于保障机制改革的经费投入超过140亿元。免除学杂费政策实施后，西部地区平均每个小学生减负140元，初中生减负180元，中部12个试点县平均每个小学生减负170元，初中生减负232元；东部地区大部分省份也主动实施了改革。农村中小学实现了正常运转，校舍维修改造长效机制全面启动，农村中小学收费行为明显规范，一些辍学学生又回到了课堂，农村学校的经费水平大幅度提高，学校出现了新的面貌。2007年，全国农村义务教育阶段中小学生将全部免交学杂费。许多群众由衷地称赞“免交学杂费，农民得实惠”。
    这一改革逐步将农村义务教育纳入公共财政保障范围，标志着农村公共产品供给方式正在发生具有划时代意义的深刻变革。同时，实施了农村义务教育阶段学校教师特设岗位计划，并在全国10个省份启动新农村卫生新校园建设工程试点，为农村义务教育加快发展注入了新的活力。