2006年，财政部门立足于公共财政框架，充分发挥财政资金“四两拨千金”的作用，积极支持农业金融组织创新、机制创新、业务创新，并在农信社改革、政策性农业保险方面取得了一定的进展。
    一、落实各项财税支持政策，推动农村信用社改革
    根据《国务院关于深化农信社改革试点方案的通知》（国发[2003]15号）及《国务院办公厅关于进一步深化农信社改革试点的意见》（国办发[2004]66号）精神，各级财政积极落实各类财税支持政策，有力地推动了农信社改革向纵深发展。
  （一）中央财政对亏损农信社保值贴补业务给予补贴
    根据国务院有关要求，财政部经过认真审核，确认试点地区亏损农信社1994－1997年因执行国家宏观政策开办保值储蓄多支付保值贴补利息形成的亏损为88.01亿元。为支持农信社改革，消化历史包袱，财政部对该项亏损给予全额补贴：第一批8个试点省份于2004－2006年拨补到位，第二批21个试点省份于2005－2007年拨补到位；截至2006年末，我部累计拨付补贴资金68.45亿元，其余19.56亿元将于2007年拨付。
  （二）各地财政部门积极探索支持农信社改革发展的渠道和方式
    例如，北京市财政局为落实国务院批准的改革方案，积极筹措资金化解农信社历史包袱，支持农信社改制为农村商业银行；黑龙江、河北、河南、大连等省市财政部门对股金分红有困难的农信社，按照一定比例分别安排分红补贴资金1.6亿元、0.96亿元、1.7亿元和0.39亿元，坚定了社员持股信心；江苏省财政厅对最困难的农信社一次性注资8.2亿元；湖北和山西等省市将农信社按3%缴纳的营业税及附加集中到省财政，建立了农信社风险防范金或风险调控金。
  （三）给予农信社税收优惠政策
    营业税方面，从2003年1月1日起，对改革试点地区农信社利息收入营业税按3%征收。所得税方面，对国家重点扶持县的农村信用社暂免征企业所得税；对中西部改革试点地区的农信社，从2003年1月1日起6年内，免征收企业所得税；对其他地区试点的农信社，一律按其应纳税额减半征收企业所得税。同时，对年应纳税所得额在3万元以内和3至10万元的农信社，企业所得税分别减按18%和27%征收。农信社按规定向管理机构上缴的管理费，其中不超过总收入2%的部分可在企业所得税前据实扣除。
    二、加快政策性农业保险试点，构建农村风险保障体系
    2006年《国务院关于保险业改革发展的若干意见》提出，“改变单一、事后财政补助的农业灾害救助模式，逐步建立政策性农业保险与财政补助相结合的农险防范与救助机制”，对开展政策性农业保险提出了明确要求。
    根据文件精神，为破解长期困扰农业保险发展的“保险公司赔不起、农户保不起”的难题，各级财政部门在调查研究的基础上，积极推动政策性农业保险试点工作。例如，福建省选择森林火灾、水稻种植、农村住房和渔工责任4个险种启动农业保险试点工作，明确了各级财政承担的保费补贴比例，安排了补贴资金0.39亿元；山东省坚持“政府推动、市场运作、财政补贴、农民自愿”的原则，由商业保险公司承保，各级财政对农民投保给予补贴，同时还确定了对试点期间的巨灾风险实行了“全省统筹、总额控制”的办法。
     同时，中央财政积极研究中央层面的政策性农业保险试点方案，初步确定了“稳步推进、自主自愿、市场运作、共同负担”的原则，拟在粮食主产区选择6个省份作为试点地区。
    三、鼓励和引导金融企业向重点家禽养殖企业贷款
    近年来，我国出现的禽流感疫情对局部地区的家禽养殖企业、养殖户造成了巨大损失。为帮助家禽养殖企业尽快恢复生产，根据国务院的要求，财政部门在实施直接救助的同时，于2005年开始通过向重点家禽企业流动资金贷款利息给予财政补贴，鼓励和引导金融企业向家禽养殖企业提供贷款。
    2006年，财政部及时印发《关于延长重点家禽养殖加工企业和疫苗定点生产企业流动资金贷款财政贴息政策期限有关问题的通知》（财金[2006]65号），延长了贴息政策期限，简化了审核程序。截至2006年末，财政部门累计向29个省市二百多户重点家禽企业拨付贴息资金5.04亿元，其中2006年拨付3.8亿元（包括中央财政1.33亿元，地方财政2.47亿元），在一定程度上缓解了禽流感疫情受灾企业的经营困难。
    四、对中国农业银行专项贷款的再贷款继续实行零利率政策
    目前，中国农业银行承担了以扶贫开发、粮棉油企业附营业务、农业综合开发为主要内容的专项贷款。为加大农行支农力度，继续发挥其商业性金融支农主渠道作用，经国务院批准同意，从2007年1月1日起，对农行专项贷款所借人民银行再贷款1505.53亿元继续实行零利率政策。农行因此项政策每年将享受补贴37亿元。
    五、拓宽中国农业发展银行业务范围，增强服务“三农”功能
    2006年，为增强农发行在农村金融领域中的支柱作用，财政部配合有关部门研究扩大其业务范围，支持其新开办了农业小企业贷款、农业科技贷款、农村基础设施贷款等新业务，扩大了农业产业化龙头企业贷款对象范围。截至2006年末，农发行开展上述新业务贷款余额约达570亿元，占全部贷款余额的6.5%，比年初提高3.9个百分点。通过适当拓展业务范围，农发行进一步提高了支持“三农”发展的深度和广度。