2006年是“十一五”的开局之年，也是《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》（以下简称《纲要》）的启动年。年初，党中央、国务院召开了全国科技大会，对未来十五年加强自主创新、建设创新型国家做出了部署。为贯彻落实中央决策，国家财政采取多项措施，大力支持自主创新。
     一、加大投入力度，为自主创新提供有力的经费保障
    财政投入是完成《纲要》任务、支持自主创新的重要保障。在2006年年初预算安排中，中央财政科技经费实现了大幅度增长，达到716亿元，增长19.2%，明显高于中央财政收入的预计增幅。在年度预算执行中央财政超收之后，这一比例仍然明显高于中央财政经常性收入的增幅。在中央财政科技经费大幅增长的带动下，很多地方的科技经费也大幅增长。
    二、优化投入结构，建立符合科技工作特点的投入体系
    在加大投入的同时，进一步优化投入结构，重点支持市场机制不能有效配置资源的基础研究、前沿技术研究、社会公益研究、重大共性关键技术研究开发等公共科技活动。同时，加大对科研机构稳定支持的支持力度，使财政科技经费更加符合科技工作需要和科研工作规律。
 （一）加大对国家科技计划（基金）的支持力度
    国家科技计划（基金）是落实《纲要》任务，提高我国自主创新能力的重要载体。2006年中央财政安排973计划14亿元，安排863计划60亿元。同时，在原国家科技攻关计划基础上，设立国家科技支撑计划（以下简称“支撑计划”）。支撑计划以公益技术及产业关键技术研究开发与应用为重点，结合重大工程建设和重大装备开发，重点解决涉及全局跨行业跨地区的重大技术问题，2006年安排资金40亿元。另外，2006年安排国家自然科学基金35.8亿元，比2005年增加8.85亿元；安排中科院知识创新工程试点工作39.1亿元，比2005年增加6.4亿元。
 （二）加大对科研机构的稳定支持力度
    科研机构是我国科技创新体系的重要组成部分，2006年针对科研机构发展中存在的一些突出问题，加大了对科研机构稳定支持力度，激发了科研单位自主创新活力，为其开展科学研究提供了有力保障。一是加大对中央级公益性科研院所的稳定支持力度，2006年中央财政新设“公益性科研院所基本科研业务费专项资金”，支持科研院所开展符合公益职能定位，代表学科发展方向，体现前瞻布局的自主选题研究工作。二是安排中央级公益性科研院所离退休经费补助，明确了中央级科研院所离退休经费渠道问题，有效解决离退休经费挤占在职人员正常事业费的现象。三是安排中央级科研院所研究生培养经费补助，解决科研院所研究生培养没有专门的经费渠道问题。
 （三）加强对公益性行业科研工作的支持
    2006年中央财政新设“公益性行业科研专项经费”，并选择部分公益特点突出、行业科研任务较重的部门，先行开展试点，支持其组织开展本行业应急性、培育性、基础性科研工作，为行业发展提供有力的科技支撑。
 （四）加大对科研条件建设的支持力度
    2006年中央财政新设了 “中央级科学事业单位修缮购置专项资金”，安排资金20亿元，有效解决了科技基础条件的“瓶颈”问题，提高了自主创新能力。同时，2006年安排科技基础条件平台建设专项经费7.54亿元，支持建设，整合资源，建立共享机制，有力促进科研能力的提高。
    三、加强经费管理，提高财政科技经费使用效益
2006年，对科技经费管理作了较大改革，不断提高财政科技经费使用效益。
  （一）提出了关于改进和加强中央财政科技经费管理的基本思路
    2006年6月，财政部、科技部印发了《国务院办公厅转发财政部 科技部关于改进和加强中央财政科技经费管理的若干意见》。《若干意见》进一步明确了科技经费管理的思路和原则，即建立保障机制，完善财税政策，经费分类管理，创新支持方式，强化财务监管，提高资金效益。一是完善科技资源配置机制。通过机制体制创新，加强部门之间、地方之间、部门与地方之间、军民之间的统筹协调，促进全社会科技资源高效配置和综合集成。二是对财政科技经费实行分类管理。将中央科技投入分为国家科技计划（基金等）经费、科研机构运行经费、基本科研业务费、公益性行业科研经费、科技条件建设经费等五类。三是创新财政经费支持方式，推动产学研结合。四是健全科研项目立项及预算评审评估制度。建立健全专家咨询、政府决策的立项机制,建立评审专家库,全面实行网上申报,建立全国统一的科研项目数据库。五是强化科研项目经费使用的监督管理。
  （二）改进科技计划管理，建立新的国家科技计划管理制度体系
    财政部与有关部门紧密配合，修订了973计划、863计划、科技支撑计划等国家科技计划项目管理办法，并承担了相应的科技计划经费管理办法修订工作。这些办法目前已全部发布并开始实施，形成了较为完善的科技计划管理体系。