2006年，非税收入收缴管理制度改革进度加快，成效显著。中央级非税收入收缴在所有中央部门已经纳入改革范围的基础上，又有10个部门实施了非税收入收缴改革，使改革实施部门扩大到42个。由35个财政部驻各地财政监察专员办事处收取的三峡工程建设基金等8项非税收入也实施收缴改革。纳入改革的资金范围已经涵盖了行政事业性收费、政府性基金、专项收入、国有资源（资产）有偿使用收入、罚没收入、彩票资金收入及其他非税收入等。随着改革范围的扩大，2006年通过非税收入收缴管理系统实现的收入大幅度增加，全年实现收入579亿元，是上年实现收入的3.7倍，比以往改革年度累计实现收入之和多出190亿元。与此同时，为进一步深化非税收入收缴改革，建立规范的国库集中收缴制度，研究拟定了《政府非税收入收缴管理办法》和《中央级政府非税收入收缴管理实施办法》。
    地方进一步完善和推进非税收入收缴管理改革，全国有十几个省（区、市）和计划单列市通过使用中央非税收入收缴系统进行了改革，其他地方也积极探索了适合本地区情况的非税收入收缴模式。在改革范围不断扩大的同时，实施改革的收入项目也逐步扩大到所有政府非税收入。