为切实提高洱海水质，加大对洱海保护治理，确保洱海保护“三年行动”计划顺利实施，大理州组建了大理州洱海保护投资建设有限公司，在大理市、洱源县分别设立分公司，在洱海流域建立起“投、融、建、管”一体化的市场运作机制，2013年至2015年每年完成融资5亿元，共计15亿；同时计划今后3年，州级财政每年安排预算内资金1亿元专项用于洱海流域保护及生态文明建设。

2012年各级财政共投入洱海保护治理资金17324万元，其中，中央湖泊生态试点资金8000万元、省财政“九湖”治理资金200万元、州级财政投入9124万元。中央财政于2012年内提前下达2013年首批湖泊生态试点资金6400万元；省政府将从2013年起，3年内安排3亿元资金支持洱海保护治理。