“十一五”期间，新疆林业高速发展，特别是林果业发展势头迅猛，林果业种植规模迅速扩大，初步形成了南疆环塔里木盆地优势林果主产区、吐哈盆地优质高效林果基地、伊犁河谷和天山北坡特色林果业产业带。随着特色林果业种植规模的扩大，林果品种混杂退化、产量较低、效益不高、良种林果种苗严重缺乏等问题日益突显，严重影响了新疆特色林果产业向更高层次发展。

　　为提高新疆特色林果品质，加速农村经济发展，加快果农增收步伐，2009年，新疆财政安排林木良种补贴专项资金500万元，对核桃、红枣、葡萄等8个经济林果树种实施良种苗木培育和推广补贴。根据新疆特色林果树种分布情况和提供良种穗条能力等因素，补贴工作选择在环塔里木盆地林果主产区、吐哈盆地、天山北坡部分县市实施。

　　2010年，国家启动林木良种补贴试点工作，新疆纳入全国林木良种补贴试点范围，中央财政拨付新疆林木良种补贴试点资金1135万元，开展国家重点林木良种基地补贴和林木良种苗木培育补贴试点。当年，新疆加大林木良种补贴投入力度，实行林业生态、经济两手抓，安排专项1050万元，在实施经济林果树种补贴的同时，新增梭梭、杨树、榆树、沙棘等生态树种补贴，与中央安排的林木良种补贴试点资金捆绑使用，有效扩大了林木良种推广面积、提高了良种苗木培育能力。

　　2011年，在充分调查研究的基础上，为加快预算执行进度，进一步发挥资金效益，强化林木良种补贴项目管理，对区本级安排的林木良种补贴资金实行先建后补的管理方式，年初下达补贴资金控制数到确定的项目承担单位，由项目承担单位按照相关要求实施补贴项目，年末由林业部门组织检查验收，经验收合格的项目第二年拨付补贴资金。

　　截至目前，中央财政拨付新疆林木良种补贴试点资金4205万元，实施种子园、采穗圃、母树林等国家重点林木良种基地补贴面积22625亩，培育良种苗木8935万株，其中培育木本油料（核桃）良种苗木600万株。新疆自治区财政安排林木良种补贴资金2750万元，其中：2009年安排500万元，2010年安排1050万元，2011年安排1200万元，对核桃、红枣、巴旦木、香梨、苹果、沙棘、杨树、梭梭、枸杞等15个树种实施补贴，完成优良品种新造林66390亩，品种改良127180亩，良种苗木繁育25510亩，培育良种种苗1.53亿株。

　　林木良种补贴项目的实施，有效地扩大了良种苗木繁育规模，提高了良种苗木使用率，为新疆林业健康、高效、持续发展奠定了基础。