一是抓好债务清理组织领导。各县区政府成立主要领导或分管领导牵头，审计、财政、卫生、监察等部门为成员单位的清理债务领导组，对每一个基层医疗卫生机构的债务逐笔进行清理核实，剔除不实债务，锁定实际债务。
　　二是实行债务统一管理。向社会公开债务清理的程序、过程和结果，接受单位职工以及社会各界的监督；严格区分债务性质，明确划分县乡政府、卫生行政部门和基层医疗卫生机构责任；制定合理偿债计划，区分轻重缓急，明确偿债次序，分类逐步化解债务。
　　三是多渠道筹措化债资金。在明确基层医疗卫生机构职能的基础上，对现有土地及其他资产进行清理评估，对现有多余的土地及其他资产进行处置，化解部分基建债务；对部分必需的医疗设备欠款，通过财政预算安排弥补性支出逐年化解；对通过上述化债方式化债后仍然存在的硬性债务，按照国家规定资金筹措的要求，落实投入责任，筹措化债资金。
　　四是采取得力措施控制新债发生。规定基层医疗卫生机构建设项目和设备购置都应严格按程序申报，落实建设资金，经批准后方可实施。在实施过程中，不得随意扩大建设规模和提高建设标准，不得违反国家有关规定举借新债。
　　五是基层医疗卫生机构综合改革落实到位。进一步明确基层医疗卫生机构的公共卫生和基本医疗服务职能，采取得力措施核编定岗，清退临时工，招聘医学院校毕业生，解决缺编人员。实施绩效工资，建立考核机制，推进基本药物制度改革，实行药品零差率销售；建立多渠道筹资机制，确保机构正常运转，努力实现深化医药卫生体制改革的最终目标。