自治区通过推进新农合盟市级统筹、家庭健康小药箱、县乡村一体化管理3项有特色的农牧区重点工作，方便农牧民就医治病。内蒙古的新农合工作已经实现12个盟市级统筹。从运行结果看，实行全盟市基金统筹，按照统一筹资方式、统一补偿政策、统一基金管理、统一服务监管和统一信息管理的模式运行，既节省了管理成本，又保障了基金的安全，大大方便了农牧民异地参合、就医和即时结报。同时内蒙古还探索实施了县乡村一体化工程，对基层医疗卫生机构进行清理整顿，实施了分级分类管理，并对基层医务人员实行全员聘用制，统一人员管理。