内蒙古自治区政府现已制定基层医疗卫生机构经费补偿暂行办法，明确规定利用４种渠道补偿基层医疗卫生机构经费。
　  这个办法规定，对政府举办的社区卫生服务中心和苏木（乡镇）卫生院的基层医疗卫生机构，在严格界定功能任务、核定人员编制、实行全员聘用、核定收支标准、转变运行机制的基础上，政府负责保障基本建设、设备购置、人员经费，并承担公共卫生服务等经费。
　  为确保财政补偿机制高效顺畅，内蒙古确定了４种公共财政补偿渠道：一是基本公共卫生服务主要通过城镇职工、居民医疗保险和新农合基金付费和个人付费补偿，基本公共卫生服务通过城乡基本公共卫生服务经费保障机制补偿；二是提高基层医疗机构就医报销比例补偿；三是政府办基层医疗卫生机构人员和业务运行成本，通过服务收费和政府补助进行补偿；四是实行基本药物零差率销售，在政府原定补助基础上，鼓励各地探索通过医疗保障基金进行补偿。