按照省政府办公厅《关于印发吉林省基层医疗卫生机构收支两条线管理暂行办法的通知》（吉政办发〔2011〕15号）精神，吉林市财政局召开由各区财政和卫生部门人员参加的专题工作会议，全面启动了吉林市基层医疗卫生机构收支两条线管理工作。

一是明确了基本原则。明确要求基层医疗卫生机构的基本医疗服务等收入全额上缴各区财政，机构开展基本医疗服务和公共卫生服务所需的经常性支出由各区政府核定安排，机构发展、人员培训、人才招聘、突发公共卫生事件处置、离退休费等专项经费按国家补偿政策予以补助。

二是确定了实施范围。首先，对政府举办的具备独立法人、独立房屋产权、独立账户（以下简称“三独立”）条件的基层医疗卫生机构全面实行收支两条线管理。其次，探讨对政府举办的不具备“三独立”条件的基层医疗卫生机构和非政府举办的基层医疗卫生机构的基本药物收入实行收支两条线管理、通过政府购买服务的方式给予补助的可行性。

三是按步骤组织实施。8月初，对政府举办的具备“三独立”条件的基层医疗卫生机构，开展了“收入汇缴户”和“基本支出户”设立工作。8月末前，全面实行了收支两条线管理的基层医疗卫生机构经常性收支的核定工作，确定财政补助数额。从9月1日起，经常性收支差额由各区财政实行绩效考核补助。