为减轻参合农民负担，规范新农合制度，新干县不断创新对定点医疗机构监管方式，多渠道、多举措加强医院规范，主要措施：
　　一是加强用药管理,控制县直医院贵重抗生素使用。从九月份开始，县农医中心对县直医院使用前五位贵重抗生素实行动态管理，对6种大剂量、高价格、可替代的贵重抗生素停止使用，同时要求定点医疗机构对抗生素的使用要求按照《江西省抗菌药物分线及分级管理办法》执行，严格控制多种抗生素联用，做到合理用药、合理治疗。目前新干县参合农民住院抗生素费用从原先占药费的3/5下降至目前的2/5，日均药费也由210元，下降至190元。
　　二是加强常见病种管理，实行单病种限额结算。该县按照并发症相对较少、可操作性较强、涉及面广的原则，选择了阑尾切除术、疝修补术、胆囊结石切除术（含腹腔镜）、胃切除术、泌尿系结石切开取石术、急、慢性（副）鼻窦炎、剖腹产（平产）、卵巢囊肿摘除术、子宫肌瘤摘除术、骨折内固定取出术10个常见病种实行单病种限价。新农合患者住院最高只需承担单病种限价金额标准，超出部分医疗费用由医疗机构自行承担。像做阑尾切除术的费用从原来平均近3500元下降至3000元，增幅达14%，10个常见病种的医疗费用平均降幅达10个百分点。
　　三是加强参合农民住院管理，实行住院管理责任追究制。制定了《新农合定点医疗机构住院管理责任追究制》，从接诊管理、处方管理、病历管理、住院管理、诊疗项目及药品管理、报销管理、档案资料标准化管理和服务管理规定八个方面规范定点医疗机构医疗服务行为，明确了各岗位人员的职责和行为规范，并相对应地制定了各项责任追究制。对违反新农合管理规定的，按《新农合住院管理责任追究制》有关规定处理。1-9月份，该县分别对县直医院9名接诊医生进行了告诫，6起住院药费得到了纠正，30多份病历进行了规范，高值耗材全部标明名称和价格，切实让参合农民明明白白看病。
　　四是加强即时结报管理，当天出院当天补偿。该县17家定点医疗机构全部推行报销补偿直补制度，县内各医院实行“一站式”服务，实现即来即审、即报即付，大大节约了参合农民办理补偿的时间，深得参合农民欢迎。截止9月份底，该县参合农民一次性报账率达到98.63%。