这些污水处理运营费主要从收取的污水处理费中支付。从历年的污水处理费收入情况看，每年污水处理费收入稳定在10亿元左右。由于支付规模持续快速增加，自2011年起污水处理费已出现收不抵支缺口2亿元，由市财政本级给予了补贴。2012年收不抵支缺口达6亿元，也由市财政本级补贴，2013年缺口达9亿元仍由市财政本级补贴。2011年至2013年市财政本级共补贴污水处理运营费17亿元。

　　2014年政府工作报告（六）突出绿色低碳，增创宜居宜业环境新优势指出：“优良的生态环境是生存之本、发展之基和民生之需”，提出要“加强水环境综合治理，深入开展鹏城水更清行动”。为切实保障2014年度污水处理运营费，2013年底在编制2014年污水处理费支出预算时，结合2013年度污水处理费拨付实际，统筹考虑和测算2014年新增的污水处理设施费用后，深圳市财政委安排了2014年污水处理费支出预算22亿元，比2013年再增加2.1亿元，其中市财政本级补贴达12亿元。